市场的最重要组成部分，而资本市场又是市场经济体制的最重要组成部分。国务院发展研究中心１９９８年重点研究课题《资本市场规范与发展》，就是根据他的建议确定并由他主持的。他对中国股市发展中的问题一再提醒，甚至尖锐批评，就是要努力促进股市的规范发展，使其能够基本实现优化资本配置功能，承担起国有经济战略性改组的重任。
现在，一些人对吴敬琏的批评显得很不正常，甚至让人感到莫名其妙。吴敬琏批评资本市场运作太不规范，做庄操纵，坑害小股东，简直成了大赌场，他就说你要全盘否定资本市场，甚至说你想要关掉股票市场，要走回头路；吴敬琏明明在说股市泡沫太大，他却批评说股市哪能没有一点泡沫；吴敬琏明明在说中国股市投机气氛太重，他却说股市哪能没有一点投机。这种片面的极端化的曲解，显然是不可取的。”
如果不是断章取义的话，不难发现，吴的初衷是为了推动建立一个有效的资本市场。